2014

Ngày 15/1/2014, sau cuộc họp với các nhân viên hợp đồng, trường này đã quyết định cho 4 lao động nghỉ việc. Sau khi số lao động nêu trên bị chấm dứt hợp đồng, họ khiếu nại quyết định của bà Hiệu trưởng Phạm Thị Tâm. Sau gần một năm các lao động trên đòi quyền lợi, cuối cùng, Lãnh đạo trường đã phải chi 60 triệu đồng tiền đền bù vì phạm luật.[27]

Tháng 1/2014, em Đỗ Hồng Sơn, sinh năm 1997, học sinh lớp 11A5, bị nhà trường buộc thôi học do không có hộ khẩu ở Hà Nội. Ngày 18/2/2014, đích thân em Đỗ Hồng Sơn đã viết tâm thư gửi Chủ tịch nước Trương Tấn Sang bày tỏ nguyện vọng đi học trở lại. Sau đó, trường THPT Dân lập Phan Bội Châu tại Hà Nội đã nhận và tạo điều kiện cho nam sinh tiếp tục học tập.[28][29][30]

2017

Theo phản ánh của phụ huynh, học sinh phải tới trường ngày 2/1/2017, dù theo quy định các em được nghỉ bù Tết Dương lịch.

Nguyên nhân được cho là ngày 24/12/2016, hiệu trưởng và một số giáo viên đi nghỉ ở Quy Nhơn, Bình Định nên học sinh được nghỉ và phải đi học bù vào ngày 2/1/2017. Nhiều phụ huynh bức xúc vì việc này. Theo phản ánh của phụ huynh, học sinh và giáo viên trường, ngày 2/1/2017 theo quy định, người lao động cả nước được nghỉ làm, nghỉ học bù ngày nghỉ Tết Dương lịch 1/1 nhưng học sinh vẫn phải tới trường.

Buổi học bù cho ngày nghỉ trước đó vào ngày 24/12/2016 vì Hiệu trưởng Phạm Thị Tâm và một số giáo viên bận đi nghỉ mát ở Quy Nhơn, Phú Yên.[31]

2018

Đầu năm 2018, một số giáo viên phản ánh về việc trường có những dấu hiệu bất thường trong công tác quản lý, bổ nhiệm, thu chi quỹ phụ huynh học sinh trường, quỹ phụ huynh học sinh lớp không minh bạch, việc thu chi tiền dạy thêm học thêm học sinh, cho học sinh chuyển trường trái quy định. Họ tố cáo hiệu trưởng Phạm Thị Tâm chuyên quyền, thâu tóm quyền lực khi mà bà vừa là bí thư chi bộ kiêm chủ tịch hội đồng Nhà trường và đồng thời cũng là chủ tài khoản của nhà trường. Nhà trường tăng cường thời gian học thêm và đề nghị học sinh mua đồng phục trường trên tinh thần tự nguyện trong các năm học mặc dù học sinh đã có đồng phục. Trường cũng đồng ý cho nhiều học sinh chuyển trường: cứ cuối mỗi học kì I hàng năm, hiệu trưởng ký đồng ý cho khoảng từ 60 đến 80 học sinh lớp 10 chuyển về các trường Trung học phổ thông Kim Liên, Thăng Long, Việt Đức, Nhân Chính, không cần biết các học sinh đó có đủ điều kiện được chuyển hay không. Có những lớp bị chuyển đi từ 10 đến 15 học sinh.[32]

Lộ đề

Năm 2018, một giáo viên dạy Ngữ văn bị một giáo viên dạy Toán tố cáo hai năm liên tiếp "đoán đề" kiểm tra giữa kỳ cho học sinh lớp 11 và lớp 12 trong các năm học 2016-2017 và 2017-2018 với mục đích xây dựng thương hiệu, gián tiếp ép học sinh học thêm. Tuy nhiên, giáo viên này cho biết: "Cô không nằm trong ban ra đề thi và cũng không tổ chức lớp dạy thêm, học thêm nào cả". Sáng ngày 16 tháng 5 năm 2018, Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội đã lập một tổ công tác về trường để xác minh, làm việc theo phản ánh của giáo viên trường.[33]